此次军制改革的的另一个目标，便是彻底根治明代营兵编制混乱，“一营人数从数千到上万不等”的长期积弊，实现军队在补给、调度、战力等各方面的标准化与精准化。
就从三大营来讲，每个的名字听起来那都是如雷贯耳，结果呢？整个京营最后连三万能打的都挑不出来。
就连朱由校刚看到京营的编制的时候，他脑瓜子都是嗡嗡的，更不要提那些个大头兵，只认识自己的小旗、或者总旗，出了门连直属将领都认不清楚，一旦战事失利，自然兵败如山倒，溃散难收。
不止如此，随着系统炼钢厂的产量飙升，他还参考后世的经验，准备为每个士兵配发身份铭牌，军官的铭牌则依等级区分形状、制式，并刻录编号。
这样既便于统计战功、收殓遗体，也可以明确在不同部队混合作战时的指挥权归属。有助于朝廷核实员额，从根本上杜绝吃空饷的腐败的痼疾，提升在复杂战场环境下的指挥效率与应变能力。
同时，现有军事单位的指挥体系也颇为杂乱，诸如卫所军的“军、都司、千户、百户、总旗、小旗”与京营、边军体系中的“千总、把总”等称谓并存，体系交错，权责不清。必须借此改革之机，予以统一规范。
他心中已有一套完整的整编方案：将天枢军、天策军、天武军、天威军授予禁卫军的正式番号，经过上述扩充之后，分别为禁卫军第一军至第四军。
原京营的六万人，则由补充三万系统兵员，进行混编改组，形成第五军和第六军。原本直属皇帝的禁卫军六万人，亦照此模式扩充整编为第七军和第八军。
整编后，系统出身的士兵将在全新禁卫军中保持约六成的稳定比例，如此足以牢牢掌握部队、彻底贯彻他的意志。
在编制体系上，将进行彻底革新，禁卫军，与各都督府下属战兵统一划分为军、师、营、连、队、伍这清晰的六级结构。
禁卫军的一个军，定额五万余人，下辖三个齐装满员的师；
而一个标准师，定员一万五千人，下辖一个师直属营、五个帝国燧发火枪营、一个刀盾掷弹兵营、两个胸甲骑兵营、帝国陆军炮兵营；
一个营定员一千两百人，下辖五个队；
随着他的整顿军队编制的想法逐渐清晰，系统的界面上立刻出来了相应的反馈：
【叮！】
【检测到宿主需求，新增优化编制方案】
【大明帝国禁军建制】
【人数：45300人】
【所需资金：300万】
朱由校毫不犹豫，先斥资二百万两，按新制为现有部队补充满额；再投入三百万两，训练一支完整的系统禁军，作为京城核心卫戍力量，才停下了手。
可以想见，当整整十个齐装满员、装备精良、纪律严明的禁卫军，加之三万余训练有素、职能多样的精锐锦衣卫，如同天罗地网般撒向帝国的四方。
这支彻底告别旧明军的一切积弊，以全新的编制、统一的指挥、绝对的忠诚的军队，将成为他横扫沉疴、开创万世太平的最坚实基石。
有此强兵在手，任何改革阻碍，都将在铁与火中化为尘埃。
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朝堂之上，诸公还在为改革细节争论不休之际，在朱由校的授意下，御前秘书司已经迅速行动起来。
从系统翰林院的官员中抽调了一批精通税务的官员，又从北直隶的胥吏中选拔了一批精干之人，共同组成了‘大明海关税务总局’的首批班底。
天启元年，十一月初三，“大明海关税务总局”在京城的承天门外的临时衙署内，召开了第一次内部会议。
这无疑是大明历史上具有里程碑意义的一刻！这不仅仅是一个新衙门的成立，更是大明立国二百余年来，首次突破传统三省六部架构的制度创新。
朱由校在御批中特意强调，此举‘开千年未有之新局，立万世通商之基业’，昭示着大明将以更加开放的姿态面向四海。
衙署正堂内，新任海关尚书陈景明端坐主位。这位年近四旬的官员身着崭新官服，眉宇间既有读书人的儒雅，又不失实干派的锐气。
下首分别坐着左右侍郎，再往下则是新设的征税司、市舶司、稽查司、涉外司的八位郎中，以及各司员外郎、主事等六十余名官员。虽然衙署尚显简陋，但每个人的神情都格外庄重。
陈景明缓缓起身，向在座同僚拱手一礼，声音沉稳而有力：
“诸位同僚，本局新设，今日我等有幸在此，实乃承千秋之重任，开万世之先河。”
他环视众人，目光中透着深意，“自《禹贡》定九赋，周礼设司关，历朝历代皆重关市之征。然如我朝这般，专设总司以掌四海商舶、统征天下关税，实为开天辟地头一遭。”
他稍作停顿，“陛下以经世之才，创此新政，委我等以重任。非独为充实府库，更是要立万世通商之规，开四海来朝之局。此乃圣天子昭示天下：我大明愿与万国互通有无，共臻大明盛世！”
“愿与陛下共臻大明盛世！”众人眼神中充斥着一丝炽热，同时弯腰喝道。
微微一顿，陈景明从案上取过一册文书：“本官与两位侍郎连日来查阅锦衣卫密档、户部旧牍，更得陛下特许，调阅内府珍藏的西洋诸国贸易记载。据多方印证，我大明近些年与东西二洋的贸易总额，恐不下万万两之巨。”
堂下顿时响起一阵轻微的骚动，这个数字显然超出了大多数人的想象，要知道大明每年的税收才多少，结果你海上贸易竟然这么赚钱。
“这意味着什么？”陈景明声音渐沉，“意味着在旧制之下，每年流失的关税何止千万！这些本该充实国库、惠及黎民的银两，却大多流入私囊，或为外夷所攫取。”
他走到堂中，目光扫过每一位官员：“故此，各司郎中、员外郎、主事，即日起，率队分赴天津、登州、松江、宁波、泉州、广州等十四处口岸，在这万里海疆之上，为我大明立下第一道关税屏障。”
“征税司即刻拟定税目细则，携带陛下亲批的税率章程，赶赴各港核定货物估值标准；市舶司负责登记商船、核发官凭，与当地水师对接，核验船身吨位与货物清单；
稽查司带同锦衣卫派驻的协查官、以及在当地组建稽查水师，专司打击走私，凡无官凭、偷漏税者，一律扣船查货，严惩不贷；涉外司需拟定外夷商船管理规制，明确商馆入驻、交易流程、违禁货物清单，不得让外夷钻了空子！”
“遵尚书令！”堂下众官员齐声应和，声音洪亮，神情振奋。
“另外！”陈景明微微，“《周礼》有云：‘司关掌国货之节，以联门市。’可见自古以来，关津要地皆为要地。如今陛下开海通商，各口岸必将商贾云集。若任由土地流于私门，则不过重蹈前朝覆辙，徒令豪强坐收渔利。”
征税司郎中王守谦若有所思地问道：“尚书大人的意思是.....”
“很简单，“陈景明目光炯炯，“我们要将这些港口土地统一规划、统一经营。码头前沿设货栈区，其后规划商街市集，再往后是客栈仓库。
“所有土地只租不售，按年收取地租。据本官估算，这十二个港口，若是经营的好，单是地租一项，岁入就不下百万两。“
市舶司郎中李振抚掌赞叹：“尚书大人高见！下官在泉州时亲眼所见，码头旁一间铺面年租就达百两。若将各口岸土地统一经营，确实是一笔可观的收入。”
陈景明微微点头“既然如此，各司抵达口岸后，须立即着手勘定港区界址，绘制鱼鳞图册。凡界内土地，一律登记造册，永为官产。此事关乎朝廷长远利益，务必谨慎办理。”
“诸位，”陈景明的语气愈发凝重，“此去任重道远。不仅要面对地方势力的阻挠，还要应对海外商贾的试探。然陛下既付重任于我等，自当竭诚报效。
一年之内，务必要让海关大旗插遍各口岸，让大明的关税制度在这万里海疆上落地生根！”
“为陛下效死！”他们深知，自己正参与一场改变大明国运的变革。
这扇海上门户的打开，不仅将为朝廷带来滚滚财源，更将让大明的商船扬帆四海，重拾昔日海洋强国的荣光。
临时衙署外，承天门的晨光刺破云层，洒在“大明海关税务总局”的匾额上，朱红底色配鎏金大字，熠熠生辉。