今天许多历史学家也认为华佗不仅擅长医术，而且具有很高的医德。他总是关心全世界人民的苦难，拒绝为强国服务。他专门治疗曹操。他借口妻子病重离开了曹操。曹操一再催促他回来，但他拒绝了。最后，曹操很生气，杀了他。
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华佗的死真的要怪曹操吗？华佗真的没有错吗？南京审计大学的徐绍金教授和河北平泉民族师范学院的林振清老师认为，曹操对华佗的死并不完全负责。两篇论文的发表最终解决了华佗遇害的真正原因。
曹操为什么要杀华佗？《三国演义》对此的解释深深植根于人们的心中。在书中第七十八章，罗贯中详细描述了曹操是如何杀死华佗的。
为了建造始殿，曹操亲自用剑砍倒了岳龙寺前的梨树。他冒犯了梨树之神。那天晚上他做了一个噩梦。醒来后，他头疼，还得了顽疾。他到处找一个好医生，但没有成功。
后来，华歆向曹操推荐华佗，曹操立即派华佗在星夜去看医生。华佗认为曹操的头痛是由中风引起的，疾病的根源在他的头上，不能靠喝汤来治愈。他需要喝“马飞汤”(根据以下说法:被称为“马飞散”，是华佗发明的麻醉剂)，然后用锋利的斧头砍下他的头，取出“冯仙”来去除疾病的根源。
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曹操疑心华佗想杀了他，为他报仇，于是下令左右两边将华佗投入监狱严刑拷打，导致一代御医在狱中死亡。结果，华佗的《青囊书》遗失了。
曹操请华佗为他治疗顽固的“头风”病。华佗用针刺颜俞穴，效果很好。后来，随着政府和军事事务的日益繁忙，曹操的“头风”病恶化了。因此，他希望华佗专门为他治疗“头风”病。华佗说:很难在短时间内完全治愈你的疾病。即使治疗很长时间，它也只能持续几年。曹操的病真的那么严重吗？
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在文章中，林振清认为华佗想利用这个机会治愈曹操，以医术为手段胁迫曹操给他官衔。曹操后来说，“华佗可以治好这种病。他对待我，想提高他的社会地位。这说明曹操当时明白华佗的意思。但他没有立即满足华佗的要求。
因此，华佗请假回家，借口是收到家人的来信，想呆几天。回到家后，他申辩说妻子病了，再也没有回来，再次威胁曹操。根据汉律，曹操以“欺骗”和“不打电话”判处华佗死刑。华佗认罪并被判死刑。